La última década del siglo XX es determinante para el desarrollo político del país. Uno de los hechos más significativos para el sistema político mexicano lo constituye el traslado de la función electoral a un órgano de Estado dotado de autonomía, independiente de las fuerzas políticas y confiado a ciudadanos sin militancia partidista.

En el plano local, la reforma constitucional que da paso a la creación del Instituto Electoral de Querétaro, se concreta en el segundo semestre de 1996 y le son trasladadas atribuciones antes en manos de los Poderes Ejecutivo y Legislativo y de los Ayuntamientos.

El 16 de agosto de ese año sesiona la LI Legislatura del Estado para aprobar las nuevas disposiciones contenidas en la Constitución local en materia electoral, y que constan en el Periódico Oficial La Sombra de Arteaga del 12 de septiembre.

El 20 de noviembre de 1996 es aprobada la nueva Ley Electoral del Estado, que se publica en La Sombra de Arteaga del 5 de diciembre. Como primer acto derivado del nuevo diseño institucional el 15 de diciembre aprueba la Legislatura el decreto mediante el cual son nombrados los Consejeros Electorales que tendrán como tarea inmediata hacer la declaratoria formal del inicio del proceso electoral para la renovación de la totalidad de los cargos de elección popular en 1997.

Luego de que la reforma constitucional en materia electoral que fuera publicada el 10 de febrero de 2014 marcara la pauta para la transformación del sistema electoral del país, en el ámbito local la Constitución Política del Estado de Querétaro reformó diversas disposiciones para homologar el nuevo modelo electoral, es así que el 26 de junio del mismo año se crea el Instituto Electoral del Estado de Querétaro como el organismo público local que sustituye al Instituto Electoral de Querétaro.

De manera consecuente, el 29 de junio de 2014 se promulga la Ley Electoral del Estado de Querétaro, en donde quedan estipuladas las atribuciones así como los mecanismos de interacción y coordinación a que deberá circunscribirse la autoridad electoral local.